Πυρήνας της Έκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Νεάπολης Βοιών απετέλεσε η Αρχαιολογική Συλλογή της Νεάπολης.
Ιδρύθηκε το έτος 1968, όταν η Κοινότητα Νεάπολης παραχώρησε δύο αίθουσες στο νεόδμητο κτήριό της «διά τήν στέγασιν τῶν ἀνά τήν πόλιν κατεσπαρμένων ἀρχαιοτήτων καί τῶν ἀπό ἐτῶν εἰς τό Γυμνάσιον φυλασσομένων» και ο Επιμελητής Αρχαιοτήτων Άγγελος Δεληβορριάς συγκέντρωσε τα διάσπαρτα στην περιοχή αρχαία.
Η Συλλογή παρέμεινε στο κτήριο της Κοινότητας (μετέπειτα Δημαρχιακό Μέγαρο) έως το 2003, οπότε μεταστεγάστηκε προσωρινά σε δύο ισόγειες αίθουσες του κτηρίου του Γυμνασίου Νεάπολης.
Το 2010 οι αρχαιότητες μεταφέρθηκαν στο κτήριο του Αρχαιολογικού Μουσείου και το ίδιο έτος εγκρίθηκε η μουσειολογική-μουσειογραφική μελέτη του Μουσείου από το Συμβούλιο Μουσείων.
Το 2011 εντάχθηκε η Πράξη «Έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Νεάπολης Βοιών» στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Δυτικής Ελλάδας – Πελοποννήσου – Ιονίων Νήσων 2007-2013».
Το έργο υλοποιήθηκε, αρχικά, από την Ε΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων Σπάρτης (έως το 2014) και στη συνέχεια από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Λακωνίας.
Ολοκληρώθηκε το 2015.
